理事会を設置するかどうかは、一般社団法人の規模や社員の数などによります。
理事会を設置すれば、重要な決定の一部は社員総会ではなく理事会ですることができるようになるため、迅速な意思決定が可能となります。もちろん、後から理事会を設置することも出来ますが、その際には、また別途登録免許税がかかってきます。
理事会を設置する場合は、理事が３名以上、監事が１名以上必要となります。役員に欠員が出ると、原則として理事会を非設置にする登記も実施する必要がでてきます。常に４名以上の役員を確保することが難しい場合は、理事会は設置しないほうが良いかもしれません。設置するメリットとしては、一般社団法人の規模が大きく見えるという点です。